atong01/website Fork de HugoBlox/theme-academic-cv

📝 Easily create a beautiful website using Academic, Hugo, and Netlify

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atong01/FoldFlow Fork de DreamFold/FoldFlow

(Unofficial) FoldFlow 1 / 2 repo

langage: Jupyter Notebook - taille: 86,5 Mo - dernière synchronisation: il y a environ un mois - enregistré: il y a environ un mois - étoiles: 1 - forks: 0

atong01/conditional-flow-matching

TorchCFM: a Conditional Flow Matching library

langage: Python - taille: 132 Mo - dernière synchronisation: il y a environ 2 mois - enregistré: il y a environ 2 mois - étoiles: 1 855 - forks: 148

atong01/ProbAI-2025-flow-matching

langage: Jupyter Notebook - taille: 27,7 Mo - dernière synchronisation: il y a 8 jours - enregistré: il y a 3 mois - étoiles: 7 - forks: 0

atong01/nflows Fork de bayesiains/nflows

Normalizing flows in PyTorch

langage: Python - taille: 1,36 Mo - dernière synchronisation: il y a 4 mois - enregistré: il y a 4 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/bgflow Fork de noegroup/bgflow

Boltzmann Generators and Normalizing Flows in PyTorch

langage: Jupyter Notebook - taille: 4,12 Mo - dernière synchronisation: il y a 4 mois - enregistré: il y a 4 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/geneval Fork de djghosh13/geneval

GenEval: An object-focused framework for evaluating text-to-image alignment

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atong01/POT Fork de PythonOT/POT

Python Optimal Transport library

langage: Python - taille: 43,6 Mo - dernière synchronisation: il y a 6 mois - enregistré: il y a 6 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/ot-icnn-minimal

A minimal example of optimal transport with Input Convex Neural Networks in Pytorch

langage: Python - taille: 185 ko - dernière synchronisation: il y a 5 mois - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 19 - forks: 0

atong01/bgmol Fork de noegroup/bgmol

Molecular mechanics systems and simulation data

langage: Python - taille: 10,3 Mo - dernière synchronisation: il y a 8 mois - enregistré: il y a 8 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/esm Fork de facebookresearch/esm

Evolutionary Scale Modeling (esm): Pretrained language models for proteins

langage: Python - taille: 12 Mo - dernière synchronisation: il y a 8 mois - enregistré: il y a 8 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/Protenix Fork de bytedance/Protenix

A trainable PyTorch reproduction of AlphaFold 3.

langage: Python - taille: 28,4 Mo - dernière synchronisation: il y a 9 mois - enregistré: il y a 9 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/2015-SIGGRAPH-convolutional-ot Fork de gpeyre/2015-SIGGRAPH-convolutional-ot

J. Solomon, F. de Goes, G. Peyré, M. Cuturi, A. Butscher, A. Nguyen, T. Du, L. Guibas. Convolutional Wasserstein Distances: Efficient Optimal Transportation on Geometric Domains. ACM Transactions on Graphics (Proc. SIGGRAPH 2015), 34(4), pp. 66:1–66:11, 2015

langage: Jupyter Notebook - taille: 232 Mo - dernière synchronisation: il y a 9 mois - enregistré: il y a 9 mois - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/MultiscaleEMD

Multiscale earth mover's distance methods for tree and manifold structured data

langage: Jupyter Notebook - taille: 7,03 Mo - dernière synchronisation: il y a 19 jours - enregistré: il y a 6 mois - étoiles: 11 - forks: 0

atong01/genie2 Fork de aqlaboratory/genie2

Protein structure diffusion model for unconditional protein generation and motif scaffolding

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atong01/trainable_symmetry

Implementation of learnable generalized geometric scattering transforms on graphs

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atong01/personal

Personal configuration files

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atong01/yale_phd_thesis_template Fork de acerjan/yale_phd_thesis_template

Latex template and class files for a Yale PhD thesis.

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atong01/unbalanced_gromov_wasserstein Fork de thibsej/unbalanced_gromov_wasserstein

Implementation of the Gromov-Wasserstein distance to the setting of Unbalanced Optimal Transport

langage: Python - taille: 24,4 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 4 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/submitit Fork de facebookincubator/submitit

Python 3.6+ toolbox for submitting jobs to Slurm

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atong01/slingpy Fork de slingpy/slingpy

slingpy provides starter code for structured, reproducible and maintainable machine learning projects.

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atong01/TrajectoryNet-1 Fork de KrishnaswamyLab/TrajectoryNet

TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics

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atong01/RAIN Fork de nokpil/RAIN

taille: 69,3 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/pytorch_geometric Fork de pyg-team/pytorch_geometric

Geometric Deep Learning Extension Library for PyTorch

langage: Python - taille: 2,67 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 5 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/statements Fork de RILAB/statements

Successful Job Applications and Grants

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atong01/SingleCellOpenProblems Fork de openproblems-bio/openproblems

Formalizing and benchmarking open problems in single-cell genomics

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atong01/pytorch.sngan_projection Fork de crcrpar/pytorch.sngan_projection

An unofficial PyTorch implementation of SNGAN (ICLR 2018) and cGANs with projection discriminator (ICLR 2018).

langage: Python - taille: 40 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 6 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/torchdyn Fork de DiffEqML/torchdyn

A PyTorch library entirely dedicated to neural differential equations, implicit models and related numerical methods.

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atong01/python-louvain Fork de taynaud/python-louvain

Louvain Community Detection

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atong01/PHATE Fork de KrishnaswamyLab/PHATE

PHATE (Potential of Heat-diffusion for Affinity-based Transition Embedding) is a tool for visualizing high dimensional data.

langage: Python - taille: 141 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 2 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/SCOT Fork de rsinghlab/SCOT

Gromov-Wasserstein based optimal transport for aligning single-cell multi-omics data

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atong01/scprep Fork de KrishnaswamyLab/scprep

A collection of scripts and tools for loading, processing, and handling single cell data.

taille: 9,81 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/OT-scOmics Fork de cantinilab/OT-scOmics

This Jupyter Notebook will walk you trough the code to replicate the experiments from our research on applying Optimal Transport as a similarity metric in between single-cell omics data.

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atong01/ott Fork de ott-jax/ott

Optimal Transport tools implemented with the JAX framework, to get auto-diff, parallel and jit-able computations.

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atong01/lightning-hydra-template Fork de ashleve/lightning-hydra-template

PyTorch Lightning + Hydra. A very user-friendly template for rapid and reproducible ML experimentation with best practices. ⚡🔥⚡

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atong01/OmegaFold Fork de HeliXonProtein/OmegaFold

OmegaFold Release Code

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atong01/moscot_notebooks Fork de theislab/moscot_notebooks

Analysis notebooks using the moscot package

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atong01/Neural-GC Fork de iancovert/Neural-GC

Granger causality discovery for neural networks.

langage: Python - taille: 1,07 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 1

atong01/moscot Fork de theislab/moscot

https://moscot.readthedocs.io/en/latest/

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atong01/mila-docs Fork de mila-iqia/mila-docs

Mila technical documentation

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atong01/models Fork de tensorflow/models

Models built with TensorFlow

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atong01/krause-parathyroid Fork de scottgigante/krause-para-y7-y9-dash

langage: Python - taille: 274 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 6 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/krakenx Fork de KsenijaS/krakenx

Python script to control NZXT cooler Kraken X52/X62 in Linux

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atong01/keras Fork de keras-team/keras

Deep Learning for humans

langage: Python - taille: 11,9 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 6 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/harmonic-alignment Fork de KrishnaswamyLab/harmonic-alignment

taille: 9,26 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a presque 5 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/GPCTP_2019 Fork de pachterlab/GPCTP_2019

Notebooks for reproducing figures and results from the paper Gehring et al., Highly multiplexed single-cell RNA-seq by DNA oligonucleotide tagging of cellular proteins, Nature Biotechnology (2019) doi:10.1038/s41587-019-0372-z

taille: 24,6 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 5 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/genedisco Fork de genedisco/genedisco

GeneDisco is a benchmark suite for evaluating active learning algorithms for experimental design in drug discovery.

taille: 3,44 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/genedisco-starter Fork de genedisco/genedisco-starter

The starter repository for submissions to the GeneDisco challenge for optimized experimental design in genetic perturbation experiments.

taille: 12,7 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/genie Fork de aqlaboratory/genie

De Novo Protein Design by Equivariantly Diffusing Oriented Residue Clouds

langage: Python - taille: 39,9 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 2 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/guided-diffusion Fork de openai/guided-diffusion

taille: 27,3 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a presque 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/CMC Fork de HobbitLong/CMC

Contrastive Multiview Coding (self-supervised learning from multiple sensors/views/modalities)

langage: Python - taille: 52,7 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 6 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/ffjord Fork de rtqichen/ffjord

code for "FFJORD: Free-form Continuous Dynamics for Scalable Reversible Generative Models".

langage: Python - taille: 5,4 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a presque 6 ans - étoiles: 0 - forks: 1

atong01/CyGNAL Fork de TAPE-Lab/CyGNAL

Pipeline for analysing and visualising CyTOF datasets, with a focus on PTM signalling networks.

taille: 50,3 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 4 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/dibs Fork de larslorch/dibs

Joint Bayesian inference of graph and parameters of general Bayes nets

taille: 13 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/cellxgene Fork de chanzuckerberg/cellxgene

An interactive explorer for single-cell transcriptomics data

langage: JavaScript - taille: 188 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 5 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/BHGP_2022 Fork de pachterlab/BHGP_2022

taille: 28,1 Go - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/fcsparser Fork de eyurtsev/fcsparser

a python parser for reading fcs files supprorting fcs 2.0, 3.0, 3.1

langage: Python - taille: 4,17 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 7 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/CapsNet-Tensorflow Fork de naturomics/CapsNet-Tensorflow

A Tensorflow implementation of CapsNet(Capsules Net) in Hinton's paper Dynamic Routing Between Capsules

langage: Python - taille: 1,55 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 6 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/Beeline Fork de Murali-group/Beeline

BEELINE: evaluation of algorithms for gene regulatory network inference

langage: Python - taille: 123 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/atong01.github.io Fork de StartBootstrap/startbootstrap-resume

A Bootstrap 4 resume/CV theme created by Start Bootstrap

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atong01/action-matching Fork de necludov/action-matching

taille: 159 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a presque 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/arxiv-sanity-preserver Fork de karpathy/arxiv-sanity-preserver

Web interface for browsing, search and filtering recent arxiv submissions

langage: Python - taille: 944 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 7 ans - étoiles: 1 - forks: 0

atong01/chroma Fork de generatebio/chroma

A generative model for programmable protein design

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atong01/fab-torch Fork de jarridrb/fab-torch

Flow Annealed Importance Sampling Bootstrap (FAB). ICLR 2023.

taille: 266 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus d'un an - étoiles: 1 - forks: 0

atong01/Cell-Dynamics-Pipeline Fork de KrishnaswamyLab/Cell-Dynamics-Pipeline

taille: 5,39 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus d'un an - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/neural-ode Fork de msurtsukov/neural-ode

Jupyter notebook with Pytorch implementation of Neural Ordinary Differential Equations

langage: Jupyter Notebook - taille: 2,12 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 6 ans - étoiles: 1 - forks: 0

atong01/Graphical-modelling-continuous-time Fork de alexisbellot/Graphical-modelling-continuous-time

Graphical modelling with time series data using an ODE model

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atong01/coinshuffle

Coin Shuffle implementation

langage: Python - taille: 221 ko - dernière synchronisation: il y a environ 2 mois - enregistré: il y a plus de 2 ans - étoiles: 4 - forks: 4

atong01/diffusion_schrodinger_bridge Fork de JTT94/diffusion_schrodinger_bridge

PyTorch Implementation of DSB for Score Based Generative Modeling. Experiments managed using Hydra.

langage: Python - taille: 270 ko - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 6 - forks: 0

atong01/safari Fork de HazyResearch/safari

Convolutions for Sequence Modeling

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atong01/papers_for_protein_design_using_DL Fork de Peldom/papers_for_protein_design_using_DL

List of papers about Proteins Design using Deep Learning

taille: 5,29 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a environ 2 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/SB-FBSDE Fork de ghliu/SB-FBSDE

Likelihood Training of Schrödinger Bridge using FBSDEs Theory, ICLR 2022

taille: 31,1 Mo - dernière synchronisation: il y a plus d'un an - enregistré: il y a plus de 3 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/FLeCS Fork de Bertinus/FLeCS

Flexible and Learnable Cell Simulator

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atong01/BoolODE Fork de Murali-group/BoolODE

Git Repo for simulating Boolean Models

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atong01/MELD Fork de KrishnaswamyLab/MELD

Quantifying experimental perturbations at single cell resolution

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atong01/navigator-hugo Fork de themefisher/navigator-hugo

Navigator Business theme powered by Hugo. It also could be used for a personal portfolio.

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atong01/signac-gene-activities

Single Command Docker container to convert ATAC-seq peaks to gene activity scores

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atong01/env

Docker environments

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atong01/Imagenet-Tensorflow

Single Command Docker container to test imagenet classifier

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atong01/data-xyz

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atong01/mixture-gan

Toy example GAN for understanding the dynamics of GAN fairness and disentanglement.

langage: Python - taille: 6,65 Mo - dernière synchronisation: il y a 5 mois - enregistré: il y a plus de 6 ans - étoiles: 3 - forks: 0

atong01/fast-mutex

Code Looking at a Fast Randomized Distributed Low Space Mutex Algorithm

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atong01/metabolomics-generative-model

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atong01/docker

langage: Vim script - taille: 15,6 ko - dernière synchronisation: il y a 22 jours - enregistré: il y a plus de 8 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/config

Contains Alex Tong's Config Files

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atong01/VideoAnalysis

Sailing Video Analysis

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atong01/Qualcomm_reservoir

A Raspberry Pi Based Web Caching Proxy -- IDHack 2015

langage: Shell - taille: 8,88 Mo - dernière synchronisation: il y a 2 mois - enregistré: il y a plus de 10 ans - étoiles: 0 - forks: 3

atong01/BalabanLineIntersection

Webpage Source for Description of the Balaban Line Intersection Algorithm

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atong01/AutomaticSummarization

Automatic Summarization for Python NLTK

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atong01/comp135-atong

Comp 135 Spring 2015 Classwork

langage: Python - taille: 207 ko - dernière synchronisation: il y a 5 mois - enregistré: il y a plus de 10 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/comp116-atong

COMP 116 Fall 2014 Classwork

langage: Ruby - taille: 618 ko - dernière synchronisation: il y a 5 mois - enregistré: il y a plus de 10 ans - étoiles: 0 - forks: 0

atong01/twipper

Ruby on Rails Twitter-like Web Application Hosted on Heroku

langage: Ruby - taille: 508 ko - dernière synchronisation: il y a 3 mois - enregistré: il y a plus de 10 ans - étoiles: 0 - forks: 0